1、在經營對象與內容方面：金融機構以貨幣資金之類的特殊商品為主要經營對象，而一般經濟組織的經營對象只涉及商品的生產與流通，而金融機構的經營內容一般以貨幣資金的收付與借貸，以及各種貨幣資金運動有關的金融活動為主；
2、在經營關系與原則方面：由于經營對象與涉及內容的差異，在與客戶間的關系上，一般經濟組織只涉及勞務或商品的買賣，而金融機構將貨幣資金投資或借貸的信用關系作為其主要內容，并遵循“安全性、盈利性、流動性”三性原則；
3、在經營風險與影響上：一般經濟組織需要考慮的重點在于生產流通過程中的產銷問題，而金融機構面臨的風險包含信用風險、擠兌風險、利率風險、匯率風險等多種風險。
金融機構與一般經濟組織的共同點
首先，任何經濟組織都必須依法經營、照章納稅，并且以上兩種經濟組織都需要獨立核算，自負盈虧；其次，金融機構與一般經濟組織同屬經濟組織，都依據特定的經濟目的而運作，具備企業(yè)的基本要素；最后，二者都具有一定的可支配資本，并需要向社會提供特定的商品和服務，如金融工具等。
